Het verhaal begint in de Rode Zee op het dek van het schip De Epomeo, waarmee Kuifje en zijn hond Bobbie bezig zijn aan een zeereis richting Shanghai. Aan boord ontmoet Kuifje een wat verstrooide man, ene professor Siclone, een egyptoloog die op zoek is naar het graf van farao Kih-Oshk en Kuifje uitnodigt hem te vergezellen. Professor Siclone heeft hierover een belangrijk papyrusdocument in zijn bezit, waarvan hij even dacht dat het overboord was gewaaid. De professor en Kuifje hebben terloops een korte aanvaring met de onvriendelijke Roberto Rastapopoulos.

Een onbekende, die onzichtbaar blijft, wil niet dat Kuifje en professor Siclone de graftombe ontdekken en zorgt ervoor dat Kuifje op de hielen wordt gezeten door twee detectives, Jansen en Janssen. Kuifje wordt door hen opgepakt voor vermeende heroïnesmokkel, maar ontsnapt en komt alsnog aan in Port Said, waar hij Siclone weer ontmoet. Samen trekken ze de woestijn in en Siclone ontdekt de tombe in gezelschap van Kuifje en Bobbie. Enkele ogenblikken later blijkt Siclone verdwenen te zijn. De deur van de tombe opent zich vanzelf en Kuifje en Bobbie betreden de tombe, waar ze ontdekken dat alle op mysterieuze wijze verdwenen geleerden die de tombe ooit betreden hebben gemummificeerd zijn en dat hij, Siclone en Bobbie de volgende doelwitten zijn; er staan enkele nog lege sarcofagen met hun namen erop. Kuifje beseft dat hij in gevaar is en moet ontsnappen. Even later vindt hij grote kisten met sigaren met het teken van farao Kih-Oshk. Kort daarna vallen Kuifje en Bobbie bewusteloos door binnenkomende rook.

Kuifje, Siclone en Bobbie worden door de organisatie in evenveel sarcofagen ondergebracht op het schip van Allan Thompson, een Britse drugssmokkelaar. Wanneer Thompson ontdekt wordt door de kustwacht smijt hij de sarcofagen overboord, onwetend dat zich daarin Kuifje, Bobbie en Siclone bevinden. Het drietal komt in een zware stom terecht en Kuifje en Bobbie raken de professor kwijt. Ze dreigen even later verzwolgen te worden door een grote golf. Op een volgend plaatje worden ze wakker op een andere boot. De bemanning blijkt hen gered te hebben van de verdrinkingsdood. Aan boord is ook de koopman Oliveira da Figueira, door wie Kuifje zich van alles laat aansmeren. Even later worden Kuifje en Bobbie netjes aan land gezet. Kuifje ontmoet in de woestijn de sjeik Patrash Pasha en verstoort even later per ongeluk een filmscène bij de filmproducent Rastapopoulos, die hij eerder op De Epomeo was tegengekomen. Ze bieden elkaar hun verontschuldigingen aan. Dan keert Kuifje terug naar de boot waarop hij gered werd en ontdekt per toeval dat die gebruikt wordt voor wapensmokkel. De bemanning neemt hem en Bobbie gevangen. Ondertussen wordt ook deze boot gezien door de kustwacht en er ontspint zich een vuurgevecht. De detectives Jansen en Janssen komen aan boord en houden Kuifje een tweede keer aan, die echter ontsnapt, opnieuw wordt opgepakt en weer weet te vluchten. Kuifje besluit op zoek te gaan naar de verdwenen professor en krijgt van Rastapopoulos spullen mee voor een veilige tocht.

Tijdens zijn tocht wordt Kuifje beschoten en komt hij Jansen en Janssen nog een keer tegen. Opnieuw weet hij hen achter zich te houden en uiteindelijk komt Kuifje aan bij een stad, waar net een burgeroorlog is uitgebroken. Kuifje wordt opgeroepen in het leger te dienen. Wanneer hij in de la van een officier een doos sigaren vindt, dezelfde als die in de graftombe, wordt hij ontdekt en wegens spionage ter dood veroordeeld. Kuifje weet te ontsnappen uit zijn cel, maar wordt opnieuw opgepakt, geëxecuteerd en begraven. De kogels blijken echter losse flodders te zijn en zijn graf is hol. Via een kachelpijp kan hij ademhalen. Hij wordt uitgegraven en het blijken Jansen en Janssen te zijn, die een en ander geregeld hadden om zijn executie te voorkomen om hem daarna te kunnen arresteren. Kuifje vlucht door een vliegtuig van de Arabieren te stelen en vliegt naar Brits-Indië waar hij een noodlanding moet maken. In het oerwoud ontmoet hij professor Siclone weer, die krankzinnig blijkt te zijn geworden. Kuifje brengt Siclone naar een hulppost, vanwaar de professor naar een inrichting gebracht zal worden.

Tijdens Kuifjes verblijf in de hulppost probeert de professor hem te vermoorden. Kuifje ontkomt en verneemt dat de professor handelde in opdracht van een fakir, die Kuifje wil laten doden door "de man die schrijft". Aangezien er een schrijver aanwezig is in de hulppost, besluit Kuifje hem te ondervragen. Onder dwang vertelt hij dat er een bende is van drugssmokkelaars die Kuifje uit de weg wil ruimen. Hij is bereid Kuifje te vertellen wie de grote baas is. Hij wordt voordat hij verder iets kan zeggen in zijn nek getroffen door een gifpijltje en vertelt dat het pijltje gevuld is met een gif dat gek maakt - Siclone is ook al het slachtoffer hiervan geworden - en wordt daarna eveneens krankzinnig. Als Kuifje de volgende dag de professor en de schrijver naar de inrichting brengt, blijkt hij zonder het te weten een brief bij zich te hebben waarin staat dat hijzelf gek is, maar dit constant ontkent. Dit is uiteraard het werk van de bende geweest. Kuifje wordt opgesloten en krijgt een dwangbuis om, terwijl de professor en de schrijver vrijuit gaan. Kuifje ontsnapt en vlucht. Hij stapt op een voorbijrijdende trein, maar moet Bobbie achterlaten. Deze bijt een heilige koe en wordt voor straf ter dood gebracht. Vlak voordat hij met een mes wordt neergestoken, wordt hij gered door Jansen en Janssen, die hopen dat ze met hem Kuifje vinden. Deze is gearresteerd door de politie en wordt in een ambulance teruggebracht naar de krankzinnigeninrichting. Onderweg heeft de ziekenauto een ongeluk en Kuifje wordt uit de ambulance geslingerd. Kuifje ontmoet een maharadja en diens zoon. Hij redt hen van een tijger en wordt als dankbetuiging door de vorst als gast in zijn paleis uitgenodigd. De maharadja weet dat de bende opium smokkelt en is hier fel tegen, waardoor ook hij een doelwit van de bende is geworden.

Diezelfde nacht probeert de fakir de maharadja met een gifpijl te raken, maar Kuifje voorkomt dat door een pop in diens bed te leggen die de pijl opvangt. Via een geheime gang in een uitgeholde boom ontdekt Kuifje de schuilplaats van de bende. Hij vermomt zich onherkenbaar als een van de bendeleden na een van hen te hebben overmeesterd, maar de voorman wordt tijdens de vergadering telefonisch voor Kuifje gewaarschuwd. Deze vraagt elk lid een voor een in een andere ruimte om het wachtwoord, om op die manier de spion te achterhalen. Kuifje wordt als eerste ondervraagd, overmeestert de voorman en weet alle anderen een voor een te overrompelen. Het blijkt om de bende van Kih-Oshk te gaan, die het graf van de gelijknamige farao als opslagplaats gebruikt. Tot de andere bendeleden behoren het echtpaar Snowball bij wie Kuifje op bezoek is geweest, de raadsheer van de maharadja en de kolonel door wie Kuifje ter dood werd veroordeeld. Dan betreden ook de maharadjah en Jansen en Janssen de geheime ruimte. De detectives zijn niet langer uit op Kuifjes arrestatie. De Egyptische politie heeft hun verteld dat hij aan de goede kant staat.

Alleen de fakir ontkomt en niet lang daarna ontvoert hij samen met de geheimzinnige bendeleider de zoon van de maharadja. Kuifje raakt hen op het spoor en achtervolgt hen. Kuifje weet de fakir te overmeesteren, maar de geheimzinnige baas stort in een ravijn in een poging Kuifje onder een rots te verpletteren. Zijn lichaam wordt niet gevonden, maar iedereen neemt aan dat hij dood is. Na de arrestatie van de bende blijft Kuifje tijdelijk bij de maharadja, als dank dat Kuifje zijn zoon heeft gered. Kuifje ontdekt dan pas dat in de sigaren met het merk van de farao opium verborgen zit.

Hier eindigt het verhaal, hoewel een aantal verhaallijnen duidelijk nog niet af zijn. Deze worden in De Blauwe Lotus vervolgd.