De vrienden willen een trip maken met de boot van professor Barabas, maar de stuurman weigert omdat hij een zeemonster heeft gezien. Jakke wil de boot wel besturen, maar in het Kanaal botst de boot inderdaad tegen het “zeemonster” en zinkt. Tante Sidonia wordt per ongeluk in het “zeemonster” gegooid en Lambik ontwaakt de volgende dag met Jerom op een rubberbootje nadat ze een slaapmiddel hebben gedronken. Ze zien een soort vliegdekschip en gaan aan boord van het schip van kapitein Kwovadis; van verschillende bevolkingsgroepen van de wereld zijn mensen aan boord. Kapitein Kwovadis denkt dat de wereld zal vergaan door vuur en heeft een moderne ark van Noach gebouwd. De mensen zijn niet vrijwillig aan boord, er is een stroom op het schip die iedereen beïnvloedt en als mensen vertrekken zal de boot ontploffen.

Jakke wordt door een koopvaardijschip opgepikt en praat met de pers. Het nieuws verspreidt zich over de wereld en al snel wordt het schip ontdekt op zee. Kapitein Kwovadis beschikt over een schuimwapen en verslaat een eskader vliegtuigen en een slagschip. Ze ontsnappen door de boot over een eiland te vervoeren maar varen in de baai tegen een mijn. Als de boot dreigt te zinken besluit Kwovadis de stroom uit te schakelen, zodat de mensen van boord kunnen gaan. Ze ontsnappen op een vlot, maar Kwovadis blijft aan boord en Jerom gaat hem achterna. Het vlot bereikt een eiland en de mensen moeten daar met elkaar samenleven, Jerom heeft het schip van Kwovadis niet meer gevonden. De onderlinge verschillen leiden al snel tot discussies en tante Sidonia besluit in te grijpen. Professor Barabas zegt de mensen dat ze een gezamenlijke leider moeten kiezen en al snel loopt Lambik met een eigen verkiezingsbord rond.

Lambik praat op iedereen in, maar door zijn lovende woorden over vrouwen wordt tante Sidonia als president verkozen. Professor Barabas wordt minister van comfort, Lambik is minister van welvaart en Jerom is de mini-politie en veiligheidsdienst van het eiland. Dan ontdekken de vrienden levende planten en ze komen Kwancy Nang te hulp als ze vertelt dat ook bij hun levende planten aanvallen. Als de vrienden aankomen is de plant al verslagen. De plant is door een harpoen van een onderwatergeweer geraakt en Suske vraagt zich af of er nog andere mensen op het eiland wonen. Sitting Chief ontdekt goud en geeft dit weg, waardoor ruilhandel ontstaat, en er ontstaat ruzie tussen hem en Rajam om de heilige koe. Net voordat hierdoor een oorlog begint blijkt het goud te zijn verdwenen, maar dan horen de vrienden dat professor Barabas wordt aangevallen door een groep planten. De planten worden verslagen en de mensen leven nu vreedzaam samen, maar tante Sidonia is bang dat er petroleum of erts gevonden zal worden waardoor er opnieuw ruzie zal ontstaan.

Lambik besluit auto’s te bouwen en Suske en Wiske komen met een wagentje in zee terecht. Als ze aangevallen worden door een haai worden ze net op tijd gered door een harpoen. Tante Sidonia gooit een fles met een briefje in zee en deze wordt gevonden door een internationaal spion. Als hij leest dat er geen oorlog is en geeft alles door aan zijn baas, die handelt in tweedehands wapens. Hij geeft een groep piloten opdracht het mini-mierennest uit te roeien. Op het eiland heeft professor Barabas een tv gemaakt, ook is er alvast een operatietafel gemaakt voor slachtoffers die met de auto bergafwaarts rijden en in zee komen. Maar dan is er een enorme aardschok waardoor een deel van het eiland in zee verdwijnt, Jerom kan Rajam en Kala (en hun koe) nog net op tijd redden. Lambik, Suske en Wiske en Jerom gaan met een heteluchtballon op zoek naar hulp maar worden door vliegtuigen aangevallen. Ze kunnen het eiland nog waarschuwen voor de aanval, maar komen op een rots in zee terecht. Wiske is ernstig gewond en Jerom wordt geraakt door een pijl met verdovingsmiddel.

Door een list weet professor Barabas het eiland te beschermen tegen de bommen (hij maakt een maquette van het eiland). Als Jerom ontwaakt gaat hij op zoek naar hulp en op zee ziet hij een bootje. De mensen van het mini-mierennest zijn aan boord en halen de vrienden weer naar het eiland. Door een geheimzinnig briefje wisten ze dat de vrienden op de rots in zee waren beland. Ze volgen geheimzinnige voetsporen en zien dan dat de ark van kapitein Kwovadis in een baai ligt. Kwovadis vertelt dat hij met opzet verdween, zodat de mensen konden bewijzen dat vreedzaam samenleven echt mogelijk is. Kwovadis heeft wel stiekem wat hulp verleend en wil iedereen nu naar huis laten gaan, want het eiland zal helemaal in zee verdwijnen. Kwovadis laat een duif los, en deze komt terug met een krant. Er staat veel nieuws in over de oorlogen die nog altijd over de hele wereld worden uitgevochten. Kwovadis is verdrietig en zegt dat de wereld nog steeds zal vergaan door het vuur, de vrienden zullen altijd welkom zijn op zijn ark om aan het geweld te ontsnappen. De vrienden worden opgepikt door een schip en ze worden door de pers ondervraagd op weg naar huis, terwijl Kwovadis naar Kaap de Goede Hoop afreist.