De vrienden lezen het boek De drie musketiers en Suske, Wiske en tante Sidonia hebben een verrassing voor Lambiks verjaardag. Ze hebben de teletijdmachine en professor Barabas geregeld en worden naar de omgeving van Parijs (in het jaar 1603) geflitst. Daar komen ze een Musketier van de koningin tegen, die net in een herberg is neergestoken door mannen van de Hertog. Dan komen ze Marie-Ang?le tegen en gaan met haar koets mee. De vrienden brengen de gewonde musketier bij een dokter en gaan naar het paleis. Daar krijgen ze musketierkleding. Dan hoort Lambik dat hij een bijzondere hoed heeft van een overleden musketier. De weduwe van deze musketier zegt dat de hoed alles weet.

In het paleis is net een bode neergestoken en de koningin vertelt dat haar zoon (Dauphin) op zijn dertiende verjaardag de troon zal bestijgen. De koningin vraagt of de vrienden haar zoon in het geheim naar het paleis willen brengen en geeft ze een brief, die pas in de Toren van Nestelle de Jujuppe geopend mag worden. Maar Marie-Ang?le gaat naar hertog Le Handru en vertelt hem de plannen. De vrienden komen in een herberg, waar net een postduif van de Hertog is neergestreken. 's Nachts komt een Gemaskerde Brigade, maar de vrienden winnen en weten te ontsnappen. De Hertog laat dan zijn geheime wapen in een kist naar de toren brengen.

In de kist zit een sterke man in een dierenvel, Jerom. Hij is het geheime wapen van de Hertog en tuigt de vrienden eens goed af. Maar als Jerom vervolgens de zojuist veroverde brief niet mag opeten, wordt hij kwaad en slaat ook alle mannen van de Hertog neer. Jerom heeft de brief en geeft hem alleen voor een bekertje anijs aan de Hertog, maar het blijkt een valse brief die is ondertekend door "Het IJzeren Masker". Tante Sidonia zit hierachter. Pas nadat de Hertog Lambik vast laat binden aan een ton buskruit is ze bereid de brief te geven. Ze is echter te laat en het buskruit ontploft. Sidonia gooit de brief naar Suske en Wiske. Ze lezen in de brief dat ze de Dauphin vanuit het kasteel van Sombrecoin moeten halen. Suske en Wiske worden van de toren geworpen en tante Sidonia wordt door Jerom in zijn kist opgesloten en meegenomen. Lambik blijkt zowaar nog te leven; hij is gered door een klein mannetje dat in de toverhoed verstopt zat, en dat hij Bikbellum heeft genoemd. Hij haalt de kinderen uit het water en ze gaan met Sidonia nog in de kist op weg.

Jerom houdt de vrienden tegen en neemt Schanulleke mee. Terwijl de vrienden bewusteloos achter blijven bij een man met een IJzeren Masker, achtervolgt Wiske Jerom. Ze ziet opeens een heel andere kant van hem; hij is verliefd geworden op Schanulleke en maakt een tafeltje met stoeltjes voor het poppetje. Ze haalt Jerom over om aan hun zijde tegen de Hertog te vechten, en Jerom gaat met haar mee om bij Schanulleke te kunnen zijn. Suske volgt de Man met het IJzeren Masker 's nachts en ontdekt dat hij niet de echte is, maar een spion van de Hertog. Suske komt in problemen in het kamp van de Hertog maar weet te ontsnappen. Bikbellum waarschuwt de anderen en vluchten. Ze ontsnappen aan een ontploffende brug en bereiken een kasteel. Daar vinden ze Jerom met Schanulleke, en Lambik begint een gevecht. Jerom vecht niet terug en dan komt Wiske en vertelt dat hij nu aan hun kant staat. Hij redt hen van een bom en mag dan met Schanulleke spelen. In een gesloten kamer van het kasteel blijkt een gekroonde Man met het IJzeren Masker in een kist te zitten. De helden kunnen hem echter nog niet bereiken.

Het gemaskerde leger kan niet over de kapotte brug komen (Wiske zat hierachter) maar Jerom wel en hij gaat 's nachts naar het kamp. Hij wil de tweede Man in het Masker meenemen, maar wordt door slaapdrank overmeesterd. De man in het IJzeren Masker heeft nog altijd niet gesproken en is nog niet bevrijd. De volgende ochtend zien de vrienden Jerom en Schanulleke gevangen voor een kanon in het kamp. Lambik wil niet helpen omdat hij jaloers is op de aandacht die Jerom van zijn vrienden krijgt. Als Wiske bij het kanon komt blijkt Lambik Schanulleke en Jerom toch al bevrijd te hebben. Ze vindt een briefje van Lambik en Jerom: ze zijn met Dauphin richting het paleis gegaan. In het kasteel worden de vrienden ingesloten door de bombardementen en de mannen van de Hertog gaan er met de man in de kist vandoor.

In het paleis komen Lambik en Jerom tegelijk met de Hertog aan. Beiden hebben een man in een IJzeren Masker. De man in de zak blijkt Marie-Ang?le in vermomming te zijn, en de man in de kist is enkel een mechanische pop. De koningin heeft het hele plan bedacht. Marie-Ang?le blijkt haar vermomde zoon te zijn. Ze kon hem zo al die tijd bij zich houden als hij als meisje vermomd was. Tante Sidonia en Wiske overmeesteren de Hertog en de Dauphin wordt tot koning gekroond in de kathedraal. De vrienden worden naar hun eigen tijd geflitst. Jerom mag ook met hen mee; voortaan zal hij deel uitmaken van hun gezelschap.

De koningin vindt Bikbellum, die is achtergebleven. Ze vraagt hem waarom de vrienden zonder enige vorm van beloning te willen zijn vertrokken. Bikbellum vertelt dat het feit dat ze iemand gelukkig hebben gemaakt de beloning voor hen was.